铬铜林中，新升的绿月之下，刚刚经历了与卡尔扎斗士的激战的格莉莎和史罗巴发现铬铜林中的生物——无论是博锐兽还是黄蜂都变的体积更大、攻击性更强。两人在逃跑途中被暗碧族的妖精精英——泰几朗的爱民拦下，作为罪犯押送至格莉莎的村落。格莉莎半喜半忧地发现，妹妹莱思尽管失去了一只眼睛，但依然活着，可是她认定格莉莎是导致夷平者袭击村落，导致亲生父母遇害的凶手。在暗碧族妖精组织的审判中，一名西沃克女子努力为格莉莎辩护，避免了格莉莎被判罪。气急败坏的莱思出手殴打格莉莎，在一旁看不下去的史罗巴则冲上去和莱思扭作一团。被这一插曲打断的审判未能重新开庭，因为一批空猎机攻入了铬铜林。
水银海畔，新成立的维多肯共和国赋予了布威娜和她的族人自由，博识都和麦地夫中的人类将根据他们的贡献获得报酬，不再是被剥削的奴隶。然而布威娜仍然对这个将蒙纳珂视作神一般侍奉的种族抱有疑虑。不出她所料，没过多久，一批夷平者就进攻了麦地夫，几乎杀光了镇中的所有人，布威娜使用魔法确定了格莉莎的位置，把自己传送到了铬铜林。
面对敌人的袭击，莱思暂时放下了对格莉莎的厌恨，同史罗巴和布威娜一起阻止空猎机杀害妖精们。然而，格莉莎在战斗中发现，空猎机的目标不仅针对自己，还有史罗巴，于是她让布威娜和莱思赶去塔吉纳向狮族求援，自己和史罗巴将空猎机和夷平者引向铬铜林中的熔渣亚龙，让这秘罗地中体型最庞大的野兽消灭了三分之一的神器。格莉莎和史罗巴随后跳入了绿月通道，诱使追来的神器集中到她的头顶。在这个绿色法术力共鸣最强烈的地方，格莉莎充分激发她还未完全掌握的能力，消灭了所有的神器。
由于这条贯通地心的隧道中的重力结界的影响，两人并没有一直坠落到地心，而是逐渐地减缓了速度。在史罗巴的提示下，格莉莎发现蒙纳珂派出这些神器与其说是在追捕她，不如说是在驱赶她回到秘罗地的中心自投罗网——否则蒙纳珂只要派一支神器军队从绿月通道中出来就可以抓到格莉莎了。果然，蒙纳珂的副手马里尔已在这里等候多时，格莉莎和他一对一单挑，却被马里尔的剑刺中了腹部，不得不逃离了战场。更糟的是，史罗巴则被维多肯趁机劫走——蒙纳珂的目标果然包括史罗巴。
蒙纳珂使用各种酷刑虐待史罗巴，鬼怪却始终不肯吐露出格莉莎的去向。然而蒙纳珂将史罗巴抓来并不单单是为了寻找或是引诱格莉莎前来——他充分了解秘罗地的芸芸众生，他看中的是史罗巴制造神器的天赋。他用各种酷刑消解了史罗巴抵抗的意志，然后在他耳中植入神器虫，以便控制这个不怎么顺从的建筑师新仆从。
莱思感应到格莉莎命在旦夕，借助布威娜的传送魔法中途返回，将昏迷中的格莉莎带到了塔吉纳，希望金狮王拉夏允许狮族的治疗师医治她。醒来的格莉莎与莱思重归于好，并且向拉夏讲述了她离开塔吉纳后发生的一切和他童年好友史罗巴的失踪。世界的主宰就居住在中空的地心，这让一向自诩见多识广的狮族王者都不得不啧啧称奇。拉夏安慰格莉莎，相信一向善于求生的史罗巴一定会大难不死。
此时的狮族正在应对泞族新一轮进攻，与以往不同的是，泞族的这番攻击更有战略，更为猛烈，拉夏怀疑背后指挥的也许并不是盖司而是另有其人。一直身先士卒的拉夏负了伤，只得任命他鲁莽而勇猛的兄弟伊什卡指挥前方的战事。为了对抗源源不断、越发狡猾的泞族，众人决定兵分两路，格莉莎带几名狮族战士前往奥悉达山脉，试图与地精——至少是地精中的喀勒克部族结成同盟对抗泞族；布威娜则带人前往蔓非沼搜集情报。前往欧悉达山脉的格莉莎和莱思在途中遭遇了一名瓦许克人类牧师率领的地精巡逻队，双方一语不合，大打出手。然而这名自称埃德洛克·维克图的牧师似乎对格莉莎姐妹有所了解。他挟持了莱思，逼迫格莉莎束手就擒。然而在押送她们前往地精王的王宫的途中，率领狮族空猎者的拉夏及时赶到，救下了她们，没有伤害地精并且生擒了维克图。
拉夏带来的不仅仅是五名女性狮族战士，还有格莉莎的老朋友——黯窖之主盖司——的头颅。这头颅在拉夏的早餐时分出现在他的餐桌上，传达了蔓非沼现在的统治者——另一位格莉莎的老朋友、她和史罗巴首次潜入蔓非沼时曾经救助过的索命妖驭者耶特的口信。原来，前往蔓非沼的布威娜已经被耶特俘虏，他要求格莉莎来到蔓非沼向他投降。一边是史罗巴，另一边是布威娜，格莉莎陷入了两难，但在她的潜意识里，她认为蒙纳珂并不会真正杀害史罗巴，因此她决定按耶特说的去做。拉夏将五名空猎者交给格莉莎领导，而格莉莎略带忧心地将莱思交给拉夏照料，同时也注意到两人之间滋生的情愫。
格莉莎和狮族战士们潜入蔓非沼，发现其中兵力十分空虚，耶特已经将大部分泞族派往了前线。仅剩头颅的盖司与格莉莎达成交易，他将帮助格莉莎救出布威娜，事成之后则要格莉莎为他找到一个合适的身体。尽管有盖司的指引，面对数量上仍占绝对优势而又残忍无情的泞族，狮族战士还是一个接一个献出了自己的生命，空猎者分队长最后也为了让格莉莎能够飞越断桥营救布威娜而把唯一的滑翔翼交给了她，独自拦下了蜂拥而来的敌人。格莉莎找到了被关押的布威娜，但就在格莉莎砍断绑着她的绳索时，耶特布下的时间静止陷阱触发了……
当格莉莎再次醒来，已是五个轮回（年）之后。布威娜告诉了她五年前的今天发生的事情——空猎者队长把滑翔翼交给格莉莎后并没有牺牲。当她发现格莉莎触发陷阱后，带着布威娜逃出了蔓非沼，付出了自己的生命。蒙纳珂对陷入时间静止的格莉莎严加看管，直到五年之后的今天，布威娜才得手将她救出。在击败了追击而来的空猎机之后，布威娜带上格莉莎使用飞行魔法去朝狮族如今的营地飞去。格莉莎看到秘罗地的地表已经变了样子，银色的针状尖塔从地上各处冒出，没人知道这些尖刺的作用。
在路上，布威娜告诉格莉莎当前的局势，远古狮穴塔吉纳已经被废弃，蔓非沼和博识都相互配合，从两个方向进攻，不断压榨狮族和鬼怪联军的生存空间。格莉莎注意到，布威娜对塔吉纳的陷落语焉不详，甚至避而不谈。布威娜将格莉莎带到狮族和地精联军的大本营，见到了王座上的三位旧相识——狮族的伊什卡、鬼怪族的杜格特，还有她的妹妹、如今已是伊什卡王后的莱思。
这几位格莉莎的老友告诉了她过去发生的事情：当绿月按照喀勒克的传说记叙的那样升起时，鬼怪一族陷入了混乱，杜格特抓住了机会重返大熔炉收服了信念丧失的鬼怪们，然后与狮族结成了联盟。于此同时，受到绿月影响体型变大的维多肯族对浆液的需求更为旺盛，而战争的压力让他们疯狂猎杀光蛾，秘罗地的夜晚已经星光惨淡。在大量摄入光蛾浆液的作用下，维多肯人和耶特之间建立了心灵感应，指挥着各自的部队巧妙地相互配合打击联军。但也正是因为布威娜截获了他们之间的心电感应，才得知了格莉莎的下落并进行了营救。然而当格莉莎问起拉夏的下落时，众人在尴尬的沉默之后告诉他，拉夏陷入了莫名的疯狂，使用维多肯才能制造出的法术力炸弹毁灭了大半个塔吉纳，被放逐到了荒野。
接下来，布威娜告诉格莉莎，在耶特手中还有一样与卡尔扎，甚至同蒙纳珂一样古老的神器——秘罗核（Miracore），耶特正是借助这件神器才能控制住泞族和神器。此外，布威娜还通过研究博识都里的浆液运输记录，确认了蒙纳珂正在位于地心的圆形监狱的旧址中休眠，以期消除自己身上的血肉部分。而蒙纳珂完成“净化”，结束休眠的时间就是五天之后五月辉映的时刻。格莉莎决心孤身挑战耶特，夺取秘罗核，然后再进入地心面对蒙纳珂。布威娜送给他了一套魔法符石，让格莉莎能够施展传送术和飞行术。
正在这时，耶特率领泞族打破了联军的防线找上门来。格莉莎在乱军之中找到了耶特，利用布威娜赠与的符石把自己传送到耶特的体内，从内部撑爆了他，得到了秘罗核。格莉莎带着秘罗核出发，却在路上遭到马里尔的袭击，秘罗核也被抢走。格莉莎追着马里尔进入铬铜林，追入绿月通道。在通道中，在一名狮族的帮助下，格莉莎及时追上马里尔并了结了他的性命。此时格莉莎发现，帮助自己的正是失踪了的拉夏。拉夏告诉格莉莎一个惊人的事实，现在的莱思并不是她的妹妹，她的身体被盗用了。
拉夏向格莉莎讲述了他们五年前分道扬镳后发生的故事——维克图在被押送的途中突然倒毙在路旁，而山路旁边出现了一只食人魔将拉夏和莱思打晕。当拉夏被莱思再次叫醒时，他们已经身处杜格特的鬼怪国度里。据莱思说，在拉夏被食人魔敲昏之后，是她先醒来击败了食人魔，然后找到鬼怪族将拉夏带到这里。这一功劳让莱思有资格参与拉夏和杜格特的谈判，并成为了狮族派往鬼怪族的大使。然而拉夏在后来才知道，此时莱思的身体已经被占据了。
随着战事的吃紧，莱思与驻守塔吉纳的拉夏共处的时间越来越少，却与同她并肩作战的伊什卡日渐亲密。然而，假莱思的诡计加上伊什卡的鲁莽让狮族失去了防卫塔吉纳的最后一个堡垒，泞族的大军直逼塔吉纳城下。在激烈的守城战中，莱思设计让拉夏受了重伤，并且向他表明了自己隐藏了五年之久的真正身份——埃德洛克·维克图。原来维克图并非人类，而是蒙纳珂创造出的一种能够附身到别的生物上的怪物。当维克图从附身的瓦许克牧师身上离开时，他先是附身在食人魔上打晕了两人，然后又附身在莱思身上骗取了狮族和地精的信任。而且在此之前，那位在暗碧族对格莉莎的审判中为她辩护的西沃克德鲁伊，也是被维克图附身的，其目的在于确保格莉莎按照蒙纳珂的意思活着。
莱思/维克图在城内设定了法术力炸弹，其威力可以消灭整个塔吉纳及其居民。然后向伊什卡“揭发”拉夏的“阴谋”，声称疯狂的拉夏要用法术力炸弹消灭所有人。拉夏还没来得及向伊什卡解释，塔吉纳就在一片蓝白色的刺眼光芒和巨大的轰鸣声中化为了废墟。
听完了拉夏叙述的故事，格莉莎又陷入了两难。一方面她想回去救自己的妹妹，想办法把维克图从她的身体中驱赶出去；另一方面她必须按时抵达秘罗地内心挑战蒙纳珂。格莉莎最终还是选择了与拉夏一起深入秘罗地内心。此时的秘罗地内部已经发生了巨大的变化，构生菌高塔已经被全部清除，秘罗地的内部已经被改造成了一个巨大无比的神器车间，在圆形监狱的旧址上的，是被蒙纳珂囚禁并用浆液驯服的史罗巴在过去五年中建造的名为“入圣之网”的巨型神器，连秘罗地地表的尖塔都是这个巨型神器的一部分。
命运的一日终于到来。
在地表，秘罗地上的芸芸众生即将首度目睹五个月亮同时升起的奇景，然而狮族和鬼怪的联军已经是山穷水尽，布威娜耗尽了所有的魔力，莱思也露出了本来面目，先是出手刺死了伊什卡，又要向布威娜下手，好在被杜格特所阻止。杜格特告诉布威娜，其实他早就知道维克图的阴谋，只是这附身怪以秘密安放在大熔炉中的另一枚法术力炸弹要挟杜格特，所以他才对此一再纵容。知道败局已定的杜格特欲杀死维克图而后快，而布威娜却认为不应该把莱思作为陪葬，出手阻止了杜格特射向莱思/维克图的火焰弹，维克图趁机离开了重伤的莱思。在布威娜的救治下，虚弱的莱思终于恢复了自己的意识，告诉了众人法术力炸弹的埋藏位置。面对只剩下半个小时就会爆炸的炸弹，刚从噩梦中中醒来的莱思在布威娜和杜格特的鼓励下坚强起来，以王后的身份组织大家逃离大熔炉，并担负起领导残余联军的责任。
在地心，格莉莎支开拉夏，独自带着盖司的头颅进入入圣之网的内部，悲愤地看到其中苟延残喘的史罗巴。他的身体依然被固定在五年前被囚禁的地方，他的意识连接着数以万计的微型神器工人和秘耳，一心想着完成为蒙纳珂建造这个神器的任务。由于只有浆液维持他的基本代谢，如今的史罗巴身体干瘪，肋骨分明，被马里尔打歪的下颌也一直没能复原，更糟的是，长时间的囚禁令他的手脚坏死，让他自己不得不在没有麻醉的条件下指挥神器工人将自己的四肢一一切除。如今的史罗巴只能通过微型神器工人用肢体语言和格莉莎交流。
此时，占据了马里尔的克隆体的维克图带着被他俘虏的拉夏出现在格莉莎面前，轻易地击败了她，拿回了秘罗核，并把格莉莎固定在机器上。净化后的蒙纳珂从冬眠室中走出，接过了马里尔/维克图献上的秘罗核，顺手结果了他创造出来、已经完成了使命的奴仆。蒙纳珂开始用秘罗核启动这部由整个世界构成的神器，以实现自己长久以来成为旅法师的梦想。随着蒙纳珂的醒来，史罗巴发现自己也能用心灵感应与格莉莎交流，并告诉了她这部机器的原理——在地表的针状尖塔中充满了可以传递魔力的浆液，借以吸收秘罗地五个月亮的魔法力，加上吸收用灵魂陷阱吸收的死难者的灵魂一同为这神器的中心充能直至爆炸，将格莉莎的火花移植到蒙纳珂身上。而在也就是在此时，格莉莎又经历了一次最真切的示像，直接重现了自己在原来的世界中触发灵魂陷阱，被传送到秘罗地的那一幕。
格莉莎从短暂的示像中恢复过来，发现盖司召唤来附近的大批泞族正在围攻蒙纳珂，而蒙纳珂轻易地就用一个咒语将这些不死生物击飞。然而，这一变故已经给了史罗巴机会指挥微型工人释放格莉莎和拉夏。两人立即冲向蒙纳珂，试图阻止他使用秘罗核实现整个世界的毁灭。此时的格莉莎已经有了和蒙纳珂同归于尽的觉悟，再次阻止拉夏加入战斗，为此不惜亲手将他打昏，然后她带着怒火扑向蒙纳珂，一起跌入了不断吸收魔法力的人造核心。
本来设计成吸取一个人的火花然后移植到另一人身上的神器如今没有了输出端，强大的能量在其中往复振荡，最后全部流向了神器中唯一一个活着的生物——史罗巴。强大的能量让拉夏当场丧命，而在秘罗地地表，杜格特已牺牲在泞族和夷平者的夹击中，而在蒙纳珂的神器启动之后不久，秘罗地上所有生物的灵魂都被尽数吸入神器，所有人都在一瞬间倒地，变成了没有了灵魂的尸体，布威娜和莱思也不例外。
吸收了巨量的魔法力、无数的灵魂以及格莉莎的旅法师火花的史罗巴醒来，蒙纳珂的创造者、银魔像卡恩出现在他面前。卡恩坦诚了自己的错误——他给予了蒙纳珂过多的自主能力，让这个设计本意是收集情报的智能神器变得如此疯狂。卡恩主动提出愿意成为史罗巴的旅法师导师，事实上，让格莉莎不断产生示像的也正是卡恩，他希望能通过与同样拥有火花的格莉莎的感应来提示她，以此绕过蒙纳珂对自己重返秘罗地的阻挠。
史罗巴在卡恩的指引下体会到了身为旅法师的强大力量，然而自幼无亲无朋的他接受不了自己的朋友们和所有秘罗人死亡的结果。史罗巴丝毫不贪图自己获得的近似神一样的能力，只要能让朋友们和秘罗地的所有人起死回生，他愿意趁着无数灵魂在他体内融合之前放弃自己的火花，换取这些灵魂重归肉体。
在卡恩的帮助下史罗巴最终如愿以偿，然而他与卡恩的这段记忆却没有留存下来。反倒是盖司记下了卡恩最后留下的口信。卡恩希望格莉莎和史罗巴能够代替自己看守这个世界，等待他的再次回归。同时，卡恩也把格莉莎和史罗巴两人的自己的灵魂陷阱留给了他们，一旦破坏掉这神器就能够永久离开秘罗地返回自己的家园。两人思考之后，决定接受卡恩的嘱托，留在秘罗地和他们的战友们——拉夏、杜格特、布威娜和莱思在一起。五色曙光照耀下，历经劫难的狮族、人类、妖精和鬼怪结成了同盟，停止了彼此的冲突和征战，蒙纳珂的神权统治至此终结，各族掌握了自己的命运，秘罗地的新纪元到来了。
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