秘罗地，库度沙山脉。凡瑟（旅居师凡瑟）、寇斯（锤族的寇斯）和艾紫培（艾紫培提瑞）朝着寇斯的家乡前行。凡瑟虽然是被寇斯逼迫而来，其实在心里也一直希望能够再度拜访秘罗地——并且寻找亦师亦友的卡恩的下落，然而寇斯却从未听说过凡瑟口中的这位秘罗地的创造者。艾紫培的童年在非瑞克西亚人的刑房中度过，恐怖的经历既是她挥之不去的梦魇，又是她解不开的心结——自己在点燃旅法师火花后选择了怯懦的逃避而不是奋而抗争——正是这种复杂的情感令她听从了寇斯的建议，来此用自己的剑帮助秘罗地的人民抵抗非瑞克西亚入侵。
凡瑟为秘罗地奇妙而精密的机械奇景而深深着迷。面对一部夷平者的进攻，他略施巧计将其制服，却无法狠心将它彻底破坏，因此遭到了寇斯的嘲笑。对于艾紫培念念不忘的那个崇尚荣誉、勇气和献身精神的她的第二故乡班特，一向信奉强者为王的寇斯也掩饰不住鄙视和轻蔑。就是这彼此无法和谐相处的三人开始了寻找卡恩的旅途。
寇斯的家乡一片萧瑟沉寂的景象。在寇斯的家中，三人发现他的父亲已经被害，尸体被放在炉中烘烤以掩盖烁油的气味，非瑞克西亚怪物披着寇斯母亲的外皮，令三人差点中计。痛失父母的寇斯和痛恨非瑞克西亚人的艾紫培怒火中烧，将凶手砍成了碎片。目睹此情此景，凡瑟理解了寇斯逼迫他停止利用非瑞克西亚科技制造神器的原因，也似乎明白了卡恩离开自己时警告他不要跟来的缘由。凡瑟认为，当前最好的办法就是找到秘罗地的创造者卡恩，一起找到击败非瑞克西亚的办法。艾紫培表示赞同，而寇斯并不相信卡恩是秘罗地的创造者，更怀疑卡恩已经被非瑞克西亚人腐化，认为秘罗人必须依靠自己，团结起所有地表的力量才能击败非瑞克西亚的入侵。
寇斯带着两人在山中的隐蔽处临时休息。他发现随着蔓非沼的扩展，泞族开始出现在库度沙的附近，而且这些泞族身上也出现了非瑞化的迹象。在击败了追踪而来的非瑞人后，寇斯希望前往细语黯窖一探究竟，凡瑟猜测卡恩也许在地心深处，愿意与他同行。被勾起往日噩梦的艾紫培则情绪低落，自称将会是两人的负担，不愿前往。临行前，艾紫培发现凡瑟双手经常颤抖，表示能用治疗魔法提供帮助，却被凡瑟否认并拒绝。
抵达细语黯窖的寇斯和凡瑟被非瑞化的泞族袭击，醒来时发现双双被绑在非瑞克西亚人的解剖台上。两人挣脱了束缚，打倒非瑞克西亚看守，碰到了来此解救他们的艾紫培——她在库度沙附近拜访了一位火山萨满，重新打起了精神，决心不再逃避下去，而是要弥补自己过去的过错同非瑞克西亚人战斗。逃出解剖室的三人看到大批非瑞克西亚士兵出征，寇斯主张组织起游击队伍，在山间消耗敌人，而凡瑟和艾紫培认为游击战对于非瑞克西亚人如此规模的入侵无济于事，他们还是需要找到卡恩。此间，艾紫培向凡瑟坦露心底的秘密，童年的她为了让自己活下来，曾为非瑞克西亚人指认一同被囚禁的其他人作为试验品，这成为了她心底无法磨灭的耻辱。凡瑟安慰了她，告诉她这是非瑞克西亚人刻意对她施加的折磨，作为一个孩子，这样做并不意味着她人性的泯灭。
三人继续在细语黯窖打探敌情，不忍于非瑞人屠夫般的残忍行径再度出手，被追杀的他们误打误撞来到伊祖黎（叛军领袖伊祖黎）率领的抵抗组织营地。然而既厌恶神器和神器师，又不齿于寇斯向外求援的做法的伊祖黎并不同意三人继续深入秘罗地的内核寻找卡恩，认为那会惊动更多的非瑞克西亚怪兽，破坏他们当前取得的“胜果”。双方言语不和几乎要拔剑相向，此时凡瑟的隐疾突然发作，狼狈地掏出自配药液才稳定住病情。伊祖黎看到无隙可乘，率部掉头离开，任三人自生自灭。
在秘罗地深处，被腐化的盖司（黯窖之王盖司）和格莉莎（叛徒格莉莎），带着还有受尼可波拉斯之命“协助”他们的的泰兹瑞（波拉斯特务泰兹瑞）一同谒见新生的机械之父卡恩（魔判官商议），各怀鬼胎的三人上演着明争暗斗的戏码，同时又要一同努力保持卡恩持续受到烁油的影响，最终达到非瑞化——能在数天将普通生物非瑞化的烁油在卡恩身上遭到了顽强的抵抗。三人冷眼旁观意识模糊的卡恩的疯癫行径，同时就一名对非瑞化完全免疫的纯肉身人类的处置展开讨论。格莉莎在三人之中明显处于强势地位，她坚持卡恩已经被烁油非瑞化，命令泰兹瑞消灭妖精叛军，找到那名对侵染免疫的人类，想尽一切办法将其侵染并带到格莉莎面前。泰兹瑞向格莉莎要求配备一支部队供他调遣，而格莉莎点破泰兹瑞一直私自积蓄兵力的行径，派给了他十名自己的部属。
寇斯、凡瑟和艾紫培继续探索通往地心的道路。在途中，他们发现一个银色的小型魔像似乎一直在引导着他们。然而在击败了多批非瑞克西亚人之后，这个魔像不见了踪影，泰兹瑞则出现在他们面前。面对艾紫培的怀疑，泰兹瑞声称自己并非与非瑞克西亚人沆瀣一气，也不是三人的敌人。为换取他们的信任，泰兹瑞命令自己的铜铬色的手下（疑似进化引擎派）当场屠杀了格莉莎的部属。泰兹瑞告诉三人，他的目的是要给他们一份“礼物”，希望三人随他前去接收，而且他还会向他们指明通往地心的道路，半信半疑的三人跟随泰兹瑞来到更深处的一间实验室。艾紫培看到其中秘罗人被生体解剖的种种惨状，压抑不住心头怒火将实验室里泰兹瑞的手下全部砍翻，而泰兹瑞却并未因此动怒，仍然按约定将“礼物”——那名能够免疫非瑞克西亚侵染的希沃克女子梅莉莱（希沃克黜人梅莉莱）交给了三人。泰兹瑞声称，他帮助他们的目的在于增加非瑞人占领秘罗地的难度，从这个意义上讲，其实是寇斯等三人在帮助自己。
三人就如何处置梅莉莱产生了分歧，艾紫培希望能够带她同行，而受秘罗地风俗一向鄙视纯肉身生物的寇斯则认为带上她只会是个拖累。凡瑟的意见打破了僵局——他认为梅莉莱奇异的体质能够拯救秘罗人，也能拯救卡恩。正当凡瑟继续追问泰兹瑞关于卡恩的下落时，一群表面被白瓷覆盖的非瑞克西亚人（疑似机械正教派）杀入了实验室，泰兹瑞向他们提示了深入地心的路径，趁着自己手下与来袭的非瑞人缠斗之机离开了实验室。
被非瑞克西亚人占据并改造的秘罗地内部已经被分割成用混合着机械和肉体、器官和缆线组成的一间间房室和一条条通道，四人按照泰兹瑞的指点，跳入一条长着獠牙的腥臭巨口，希望能够甩开敌人并向秘罗地更深处进发。在一处同非瑞克西亚人的遭遇战中，梅莉莱和负责保护她的凡瑟发现此处聚集着大量被认为已经绝迹的光蛾。也许是受到这些光蛾的影响，凡瑟施展的传送术发生了差错，将自己和梅莉莱传送到了光蛾群中，受光蛾影响的梅莉莱双眼闪烁发光，似乎完全变了一个人。
凡瑟则发现自己的身体随着一次次施展传送术每况愈下，严重到无法通过集中精力压制自己双手震颤的地步。原来，在他过去搜集非瑞克西亚神器的旅途中，他曾经手拿一块具有强大魔法力、疑似约格莫夫遗骸的物体一起进行过传送，传送期间由于魔法力的相互作用导致自身被侵袭，内脏加速衰竭并受多发性震颤之苦。对于自身的状况，凡瑟选择了继续隐瞒，希望自己能够撑到找到卡恩。
在路过一条液矿河时，三人再次发生了争执。寇斯自认是这次行动的组织者和领袖，不愿意让凡瑟凭着直觉和对卡恩的了解带领队伍试图寻找这个他并不相信的创世主，艾紫培则站在凡瑟的一边说服了寇斯，一行人向着熔炉层前进。途中，他们再次遇到了伊祖黎率领的的秘罗地反抗军，然而伊祖黎并未作难，并且还向他们提供了休息的地方。
尽管伊祖黎并不愿意承认，但众人都觉察到他手下将士或轻或重的非瑞化迹象。然而就在当晚，人们欣喜地发现梅莉莱能够奇迹般地抑制并消除非瑞化。凡瑟想起光蛾之间的互感作用，推测是梅莉莱吞下的光蛾让她具备了传递自身免疫力的能力。这一天降之喜却意外地让寇斯成了秘罗反抗军眼中的英雄——在此之前，他的出走导致了锤族的风言风语，让寇斯的名字成为逃跑的懦夫的代名词，而他一直想回到地面召集反抗军打击非瑞克西亚人，好洗刷掉自己的污名。现如今，他被看做是为秘罗地人民找到解药的大英雄。
痴迷于权力的伊祖黎自然也不会放过这个机会，他先是想方设法从梅莉莱身上提取这种免疫力，以便由他自己决定如何分配，发现无法做到之后又主动找到三人，希望让三人离开却把梅莉莱留下。凡瑟发觉伊祖黎其实知道卡恩的存在，迫使伊祖黎说出他手中掌握的卡恩的消息，确认了卡恩就在秘罗地的中心，而且还未屈从于烁油的腐化。伊祖黎召集了集会，巧舌如簧地煽动民意以图留下梅莉莱。梅莉莱选择随凡瑟和艾紫培前往地心，而好不容易得到平反的寇斯选择加入反抗军，与族人并肩战斗。突然入侵的非瑞克西亚人打断了集会，伊祖黎趁乱宣布寇斯是引来了非瑞人的内奸，令寇斯百口莫辩，不得不转而随艾紫培、凡瑟和梅莉莱。
避开了非瑞人扫荡的四人碰到了一名被梅莉莱治愈的重度非瑞化的妖精，他主动提出当一行人的向导。众人震惊地从他口中得知，这名妖精斥候早就搜集到格莉莎和盖司挟持了卡恩、并且制定了消灭秘罗反抗军的计划，然而伊祖黎为了确保自己的领袖地位和打击异己，没有将这一情报向任何人透露。尽管如此，四人并未对这名斥候掉以轻心，谨慎地接受了他的建议，随他向更深处前行。
在向导的引领下，一行人沿着非瑞克西亚改造的管道来到一处巨大的房间，其中的两传送门中不断涌出背生两翼，身披白瓷外壳的非瑞克西亚人。众人经过混战继续前行，然而凡瑟却发觉同伴们在这艰险的旅途中变得越来越疲惫而焦躁，更令他迷惑的是一路走来所看到的种种不合逻辑的非瑞克西亚人的行为——比如，非瑞人会将同族和秘罗人的尸体回炉重铸，可他们却是主要通过烁油传染将生物非瑞化制造同类。然而他很快就不得不将关注的重点转回到自己身上，他自备的混有光蛾浆液的药液已经用完，他的身体留给他的时间已经所剩无几。艾紫培试图医治凡瑟，凡瑟则告诉她自己已是无药可医。
在艾紫培照料凡瑟的时候，再次动摇的寇斯却带着梅莉莱打算回到地表。凡瑟和艾紫培试图追上他们，却在途中被泰兹瑞和他的手下抓住，泰兹瑞使用读心术得知梅莉莱的大致去向，命令部下将凡瑟和艾紫培两人交给格莉莎发落，然后追随着寇斯和梅莉莱两人而去。而发现两人涉险的寇斯又带着梅莉莱杀了个回马枪，救出了凡瑟和艾紫培。四人组再度相聚，然而不满于泰兹瑞阳奉阴违而亲自出手抓捕梅莉莱的格莉莎率手下包围了他们。
重伤未愈且疲惫不堪，此时的四人组难以抵挡格莉莎的大队人马。泰兹瑞“恰好”出现，向格莉莎发难，当面承认是自己将梅莉莱交给了寇斯等三人。在泰兹瑞看来，即便秘罗人获得了梅莉莱的免疫力，也无法从根本上改变力量的天平，只是能够将战争拖的更久些而已。更重要的是，他要用梅莉莱引诱格莉莎离开卡恩，以便除掉这位强有力的竞争对手（此时的他已经控制了盖司），然后让自己取代无法被非瑞化的卡恩，成为秘罗地的机械之父。趁着泰兹瑞和格莉莎两方陷入混战，四人逃离了战场，在一直冷眼旁观的向导的带领下，继续寻找卡恩的下落。
在向导的引领下，四人终于来到了卡恩之所在，见到了这名心智被烁油所污染、身体被固定在王座上的银魔像旅法师。然而此时的卡恩已经变得神智不清，寇斯试图用武力制服卡恩，却被卡恩轻易打昏失去了意识；凡瑟试图用两人的共同记忆唤醒这位曾经的良师益友，却发现尽管卡恩还记得他的名字，然而机械之父的身份已经深深嵌入他的意识深处；梅莉莱试图净化卡恩体内的烁油，却发现他已被侵蚀到了心脏，而她尽其全力也只能净化卡恩的身体而已。目睹此情此景，心知自己已是病入膏肓的凡瑟明白，如果他不牺牲自己拯救卡恩，包括秘罗地在内的无数个世界都将面临非瑞克西亚的威胁，于是下定决心用自己的心脏替换卡恩被污染的心脏。艾紫培试图劝阻凡瑟，却又无法找到别的解决办法，看到凡瑟心意已决也无可奈何。
被凡瑟的心脏挽救的卡恩恢复了清醒（重获自由的卡恩），出手消灭了闻声而来的非瑞克西亚人。尽管秘罗地是他的骄傲之作和心头之疚，但此时的他非常清楚，非瑞克西亚人在此盘踞已久，秘罗地已被深度腐化，凭他一己之力已经无力回天。而对他自己而言，更重要且只有他能做的则是回溯他在多元宇宙中的位面旅行，清除掉自己带到其他世界的烁油和非瑞克西亚人。梅莉莱和寇斯也认识到他们作为秘罗地的真正的主人，拯救世界的责任落在他们自己的肩上。卡恩抱起凡瑟的尸身，带领三人冲向前来增援的非瑞克西亚军团——秘罗地的造物主和秘罗地的主人，他们各有不同的责任和目标，但在当前眼下，他们复仇的怒火将从烧尽眼前的敌人开始。
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