在神河的世界存在着“现世”与“隐世”的分野。前者是生灵居住的物质世界，后者是神明的领域。几百年以来，神河的住民与其所敬奉的神明和平共处，直到突然有一天，神明开始在人界现身，开始攻击其信众。这一切源于此地最强大的国度——永岩城的大名今田从灵界攫取了一位神明，招致了灵界的进攻，而三部曲的故事就从今田的女儿——今田魅知子的诞生之日开始讲起……
在今田大名的妻子生出女儿魅知子的那一夜，大名在空民的帮助下完成了一项仪式，他的祭祠发生了变化，原先祭奉的净火明神被一轮刻有巨蛇图纹的粗凿石盘所取代，而大名在之后的二十年里容颜不改，气力不减，寸步不离存放石盘的高塔。而与此同时，过去一直与人类和平相处的神明纷纷现身，不分青红皂白地向人类发动进攻。在这二十年里，大名的女儿今田魅知子在狐族派驻在永岩城的使者，大名最信任的顾问珍珠耳夫人的关爱下，成为了一位风华绝代的高贵公主。尽管珍珠耳夫人待她有如己出，但始终对她早夭的母亲和她出生的那一夜所发生的事情讳莫如深。
就从这一年开始，神明的攻势越发猛烈，恶鬼和强盗的劫掠行为也越发猖獗，神河世界的人们苦不堪言、民不聊生。竹沼中的落魄武士梅泽俊郎一向不敬神佛、惜命自保，然而在度过了九死一生的一天之后，他命运的轨迹已悄然被改变。就在这一天，俊郎针对鼠人盗匪头子啮骨牙的一次寻常的”黑吃黑“暴露出了背后操控鼠人的神秘空民。空民对俊郎穷追不舍，一心要将他灭口，而出乎意料的是，连神明也现身对他展开截杀，俊郎凭借智计和言灵之术两次逃脱。 在这一连串变故之后，他按照解读出的神秘指示前往霜峰山脉，投奔多年前因机缘巧合和相互利用结下死誓的盟友——食人魔祭师碑出告。
永岩城中，大名始终将自己幽闭在城中高塔之上，刚刚成年的魅知子不得不代父出席殿前听事，择要向父亲禀报。在一次听事上，永岩城军队的统帅——武野将军意在安抚人心的例行战况介绍被打断，一位神明直接在会场正中现身，大开杀戒。珍珠耳和她前来参加听事的狐族兄弟锐耳护住了魅知子，保护着她赶去向大名禀报。然而，今田大名对此不以为然，声称这场愈演愈烈的人神之战只不过是两界在形成新的力量平衡之前的暂时动荡。不忍心看到人民受苦的魅知子趁机提出前往拥有无穷知识的水面院探究神河之战的缘由，试图找到结束战争的办法，却遭到了大名父亲的断然拒绝。
随着锐耳的到来，向魅知子亡母承诺保护她安全的珍珠耳夫人得以暂时抽身返回故乡，面见长老并静心祈祷，以图破解内心的谜团。按照珍珠耳的安排，锐耳在她返乡期间负责教授魅知子骑射之术，同时担当她的守护人。然而她在城中的同伴朝流和理子——来自水面院的神秘使者的两名随员的劝说下，魅知子下定决心违逆父命，随两人私自逃离永岩城前往水面院。三人天真的计划并没有躲过锐耳的眼睛，然而他却没有直接出手阻拦，也没有向大名告密，而是在三人逃出城外之后，使用狐族的秘术引导魅知子翻山越野，击败敌意的神明，护送她抵达狐族的村落，把她交到了珍珠耳的手中。
于此同时，在霜峰山脉，俊郎来到碑出告的洞府，撞见这位信仰毁灭与混乱之邪鬼的食人魔祭师正与山贼王伍堂的使者——山崎兄弟和恶鬼部落的领袖——恶鬼贤者班班进行密谋。出于死誓的约束，碑出告禁止山崎兄弟与恶鬼向俊郎下手，但他对俊郎的造访并不意外——就在不久前，一位神明呼唤着俊朗之名出现在霜峰山脉，被他生擒后作为祭品供奉给了邪鬼荒噬。面对碑出告的怀疑甚至是威胁，毫无头绪的俊郎当然无法给出可信的解释，而碑出告却对俊郎有所安排。为确保他不会耍什么阴谋诡计，他先是迫使俊郎将虎魄——他过去五年来唯一活下来的徒弟——加入了死誓，然后指点两人向树海出发。
对俊郎而言，此行是向树海中敬奉大罗明神的神主们寻求答案，而对于虎魄则是一次满足自己对神主私怨的机会——五年之前虎魄背弃了树海武道，希望研习诛杀神明之术，成为一名山僧，然而山僧宗主们却不愿屈尊接收树海武僧为徒，于是无处可归的虎魄最终投入碑出告门下。在树海的丛林之中，两人再次遇到了侍奉嗔怒明神的山崎兄弟和恶鬼贤者班班及其所率领的恶鬼大军，被恶鬼信众召唤现身的嗔怒明神指责俊郎正依另一股势力行事，而虎魄师徒侍奉的是与神明势如水火的邪鬼。于是，嗔怒明神召出三位下位神明试图诛杀两人。在虎魄召唤出三眼邪鬼犬助阵下，三位下位神明被击败，俊郎也切身感受到邪鬼的血腥与残忍。
在树海边境的狐族村落，魅知子的突然来到出乎珍珠耳的意料，更令她和整个村落吃惊的是恶鬼史无前例的远征。此时，受大名之命带回魅知子的勇将长雄也来到了村落。但恶鬼大军当前，即便长雄再急切地想把公主带回，也不得不先同狐族联手应对恶鬼的进攻。尽管他们奋不顾身勇猛杀敌，不过是消灭了五百多只恶鬼中的的一半。奉水面院密旨的朝流再次提出前往水面院，而珍珠耳等一行人还是听从了狐族长老的劝告，依照魅知子的梦境前往树海深处向蛇人寻找答案。
命运的交汇终于发生，魅知子一行和俊郎相会了。双方不知彼此底细，在交涉和斗嘴中揣测对方的身份和目的。在俊郎眼中，魅知子的美貌与高贵令他怦然心动，同时激起他心里对她身价的猜度，心生奇货可居的念头，水面院的朝流自诩精英，对他嗤之以鼻的派头令他非常不爽，尽管如此，狐族武士的存在还是令他有所忌惮。而在魅知子一行人看来，油腔滑调的落武者梅泽俊郎难以信任，魁梧野蛮的树海武道的叛道者虎魄则令人半是疑惑半是畏惧。
双方对彼此的试探放松了对周围的警惕，陷入蛇人的突袭围捕。蛇人用毒液将众人麻痹陷入昏迷，掳走了魅知子向大罗明神祈祷献祭。在众人还昏迷的时候，死誓纹身的灼烧将俊郎首先唤醒。恢复意识的他发现虎魄的尸身被吊在树上，毫无生息。俊郎在伤感之余用言灵向碑出告发出了消息，同时决心履行死誓，为虎魄报仇。未料到俊郎能够迅速苏醒的蛇人看守措手不及，在俊郎的残忍逼供下交代了魅知子的身份和所在。俊郎趁着夜色救出魅知子，暂时放下复仇，权衡着魅知子能为他带来的利益。最后他下定决心，在附近的小山上发动了仅剩的召唤翔蛾的机会，带着魅知子向西飞去，找到一处山洞藏身。
静下心来的俊郎发现他并没有几个可以交易的对象。很少有势力愿意得罪永岩城，伍堂率领的山贼虽然与大名作对，但更愿先看到他的人头落地。就算是碑出告，在他无法交代虎魄的死之前也无法与他谈什么条件。就在这时，一位形象矮胖而滑稽，自称是新月神的的神明现身在俊郎面前，声称是自己为俊郎留下了各种暗示，并引导他与魅知子来到这里与他相会。新月神向半信半疑的俊郎展示了他即将面临的威胁——拥有神力的今田大名感应到魅知子的所在，派出上千名骑士奔袭而来；蛇人拥簇着树海的守护神——大罗明神也在向这里进发，执意用魅知子的性命结束人神之战；与此同时，一心救出魅知子的珍珠耳等人也在接近两人的藏身之处。而在他们看不到的地方，水面院上空的胧宫中，空民的领袖正在根据局势的变化调整他们的计划。
新月神向同样半信半疑的魅知子还原了她出生那一夜的景象——她的父亲在空民的帮助下从灵界吸取了神明的精华——换言之，他劫持了代表众神神性本质的子嗣。更糟的是，此举唤醒了灵界古老的庞然巨兽——大口绳。借由魅知子的诞生而被今田攫取的神明与她形成了特殊的联系，在一些神明如大罗明神眼中，只有取走魅知子的性命方能重新达成神人两界的平衡。新月神告诫魅知子，尽管空民和水面院对魅知子在逆神之战中的作用和影响莫衷一是，但对于任何企图将她带到水面院的人都应当加倍小心。在俊郎的追问下，新月神宣称自己的目的在于纠正今田犯下的罪过，避免狂暴的大口绳毁灭人神两界。得知真相后的魅知子决心纠正父亲的罪孽，解救人们于战祸之中。这一次，她的纯真和勇气打动了俊郎，他向魅知子宣誓效忠，愿用生命保护她的安全。
不久，新月神、俊郎和魅知子就在山中共同目睹了大口绳庞大蛇首天崩地裂般的现身，上千名骑兵被它一口吞下，尸骨全无。即便在它在人界遁形之后，大地还继续战栗着，震动持续了一天一夜。尽管大口绳的的力量恐怖骇人，但来势汹汹的蛇人才是俊郎和魅知子面对的迫切威胁。俊郎竭力用言灵备战，而新月神告诉俊郎尽管他不信仰任何神明，但其所用的言灵之力却是神明的赐予，并且召唤出夜幕明神，意欲迫使俊郎成为其信众。此时，珍珠耳等人已经赶到洞窟，要求俊郎立即释放魅知子，随她们前往永岩城接受惩罚；在她们身后，蛇人拥簇着大罗明神渐渐步步紧逼，意欲将魅知子、俊郎和珍珠耳等一行人全部献祭。
俊郎陷入了前所未有的绝境，一边是他要誓死守护的魅知子，含泪祈求他释放自己并拯救她和她的同伴；另一边是残忍凶暴，要将所有人赶尽杀绝蛇人步步紧逼，他无路可逃、无力抵挡、无计可施，尽管俊郎并不愿轻易向神明低头，但此情此景下不得不向夜幕明神祈求庇佑，并最终借助她的力量将击退了大罗明神及其信众。危机解除之后，俊郎却为珍珠耳和狐族武士所制服。此时，已经下定决心利用一切力量结束逆神之战的魅知子宣布俊郎已效忠于自己，命令众人将俊郎释放，珍珠耳为魅知子的主见和坚决感到苦涩和失落，但仍听从命令将俊郎松绑。
重获自由的俊郎立刻逼问朝流，证实了自己的推测——朝流出于对虎魄武力的忌惮，在众人昏迷后用水魔法将其溺毙。得知真相之后，俊郎随即召唤言灵，将朝流送至碑出告的手中听候残忍的食人魔发落。完成了这一切，俊郎感到分道扬镳的时刻已经到来，在向魅知子承诺将应召而至之后从众人眼前隐遁。逆神之战高潮前的这场间奏至此告一段落，夜幕明神的信徒、魅知子公主的侍卫、落武者梅泽俊郎终于得享片刻安宁。